A infecção pelo vírus do HPV se dá de maneira crônica, sendo que pacientes podem vir a ter o vírus incubado na região genital por um grande período de tempo. A questão central se refere quando há alguma lesão genital, tanto masculina quanto feminina. Essas lesões têm indicação de tratamento que pode ser por cauterização, retirada cirúrgica ou até cremes e uso de ácidos. O tratamento da verruga não implica necessariamente no tratamento do HPV. O maior problema dessa infecção está relacionado ao grande problema de saúde pública que é o câncer de colo de útero. Pacientes com HPV, em sua maioria com subtipos de alto grau, podem evoluir de uma pequena lesão no colo do útero para uma doença muito mais grave.
Felizmente, há casos de eliminação espontânea pelo corpo, bem como uso de medicações tópicas que modulam o vírus fazendo com que permaneçam indetectáveis.